代码的问题是在一个循环中运行多个查询。每个查询的结果都是有序的，而不是全局结果。
一种解决方案是使用循环来构建unionsql查询。您可以在循环外运行查询；联合查询的ORDERBY子句全局应用于其结果。当然，这假设所有查询都返回相同的列（否则需要修改代码）。
代码；

$afer_result = mysql_query(
    "SELECT * 
    FROM aq_afers 
    WHERE aferId = '".$afer_id."'"
);

$sql_parts = array();
while ($afer = mysql_fetch_array($afer_result)) {
    array_push(
        $sql_parts,
        "SELECT * 
          FROM aq_".$afer['ItemCategory']."s
          WHERE ItemId = '".$afer['ItemId']."'"
    );
}

$sql = join(' UNION ALL ', $sql_parts);
$item_result = mysql_query($sql . 'ORDER BY ItemLevel');
while ($item = mysql_fetch_array($item_result)) {
    echo $item['ItemLevel'];
    echo "\n";
}

您的代码选择类别并遍历每个类别。它为排序的每个类别选择itemlever，但不是同时选择所有类别。第一类10、37、62第二类15、35、55、75、95、105第三类70等。
因此，应该将两个sql查询合并为一个，并对结果进行排序。
如果不可能，您应该将itemlevels存储到一个数组中，并在打印它们之前对其进行排序。

$afer_result = mysql_query("SELECT * FROM aq_afers WHERE aferId = '".$afer_id."'");
$itemLevels = [];
while ($afer = mysql_fetch_array($afer_result)) {
    $item_result = mysql_query("SELECT * FROM aq_".$afer['ItemCategory']."s WHERE ItemId = '".$afer['ItemId']."' ORDER BY ItemLevel");
    $item = mysql_fetch_assoc($item_result);
    $itemLevels[] = $item['ItemLevel'];
}
asort($itemLevels);
foreach ($itemLevels as $itemLevel) {
    echo $itemLevel;
    echo "\n";
}