我问了一个不同的问题：
我使用的是gradle和jlink插件，有一个应用程序我想分成两个模块，模块应该在src/main/java目录下，还是应该重构为src/mod1/和src/mod2？由此产生的另一个问题是测试以及在哪里放置junit测试类。我想知道所有这些的目录结构。谢谢！
致nick maiorano并收到以下回复：
对于第一个问题，java编译器和运行时对此没有意见。它们支持两种类型的目录结构。但是像intellij和eclipse这样的java编辑器会迫使您为每个模块拥有独立的源代码根。如果您计划让不同的团队维护他们自己的模块，那么您必须有独立的根，并且您将使用他们的模块，就像使用第三方库一样，通过jar或jmod文件具有模块依赖性。否则，您可以在一个源代码下拥有不同的模块，但您将与eclipse/intellij的模块支持作斗争（但这是可能的）。
你的第二个问题要简单得多：单元测试类应该和他们的测试对象在同一个模块中。他们应该可以访问模块中的每个类，所以他们是模块的一部分是有意义的。它们应该位于一个单独的目录中，但与它们的测试主题的包名相同（这样就不会阻止它们访问包私有方法）。
这符合我决定通过拥有两个独立的gradle子项目来构建应用程序的方式，每个子项目都有自己的src/main/java目录。我的最终目录结构如下所示：

wit-core/
├── build.gradle
├── core.vim
└── src
    ├── main
    │   └── java
    │       ├── dev
    │       │   └── joshpetit
    │       │       └── wit
    │       │           └── core
    │       │               ├── base
    │       │               ├── interpret
    │       │               └── model
    │       └── module-info.java
    └── test
        └── java
            └── dev
                └── joshpetit
                    └── wit
                        └── core
                            ├── base
                            └── utils
wit-gui/
├── build.gradle
├── Session.vim
└── src
    ├── main
    │   └── java
    │       ├── dev
    │       │   └── joshpetit
    │       │       └── wit
    │       │           └── gui
    │       │               └── launcher
    │       └── module-info.java
    └── test
        └── java
            └── dev
                └── joshpetit
                    └── wit
                        └── gui
                            └── launcer

非常感谢和我一起解析这个问题的人！
如果还有其他人对此感到疑惑，我建议遵循@franciscomatea的建议并参考junit的项目结构。