我有一个很长的文件，如下所示：

ATOM 55 CE1 LIG X 1 -2.921 4.159 -10.046 1.00 0.00 LIGA

我需要取第三列的第一个字母，在本例中为C(但它随行变化)，并将最后一列的Liga替换为以下字符。我需要在确保第12列和第13列之间的间距为11的同时执行此操作，如下所示。我需要它与下面的行完全相同，这样我的程序才能理解它。

ATOM 55 CE1 LIG X 1 -4.950 9.318 4.387 1.00 0.00 C

我设法将第三列的第一个字母复制到一个不同的文件中，然后从原始文件中删除第13列，并将不同的文件粘贴到原始文件中，如下所示。然而，我可以找到一种固定间距的方法。

cut -c 14 original.pdb > different.pdb
perl -pi -e 's/LIGA//g' original.pdb
paste original.pdb different.pdb >> joint.pdb
mv joint.pdb original.pdb

我知道awk可能会在这里工作。我没能做到这一点。我很感谢你的帮助！