由于scatter函数需要向量（具有一行或一列的矩阵），因此尝试

figure()
scatter(mat1(:),mat2(:))

(:)运算符将矩阵转换为向量。

散点图只是绘制数据的一种方式。Scatter将数据绘制为点，而不连接它们。尝试

mat1= rand(1,20) 
mat2= rand(1,20) 
subplot(121) 
scatter(mat1,mat2); 
subplot(122) 
plot(mat1,mat2)

这个答案是对OP的评论的回应，该评论要求如何将不同的标记设置为不同的颜色。

方法1：逻辑索引

要求您为每种颜色定义索引。在下面的示例中，随机选择红色标记;其余的标记将是蓝色的。

% MATLAB R2017a
mat1 = 100*rand(20,1);
mat2 = 100*rand(20,1);

idxRed = rand(20,1)> 0.5;
idxBlue = ~idxRed;

s(1) = scatter(mat1(idxRed),mat2(idxRed),[],'r','filled');
hold on
s(2) = scatter(mat1(idxBlue),mat2(idxBlue),[],'b','filled');

% Cosmetics
daspect([1 1 1])
box on
for j = 1:2
    s(j).MarkerEdgeColor = 'k';    
    s(j).MarkerFaceAlpha = 0.3;    % Transparency control
end

方法2：自定义色彩Map表

创建一个自定义的colormap，直接Map到您想要的颜色。在下面的示例中，颜色Map表仅包含两种颜色。逻辑变量idxRed只有两个可能的值，所以这里不需要调用caxis([0 1])。

% Create custom colormap  
col1 = [0 1 0]; % Green 
col2 = [1 0 0]; % Red
cmap = [col1;col2];
% Plot
colormap(cmap), hold on, box on
scatter(mat1,mat2,[],idxRed,'filled');