有时切换到相关子查询可以加快此类查询的速度：

select p.id_project, p.owner_id, count(f.user_id)
from users u left outer join
     projects p
     on p.owner_id = u.id and u.id in (123, 526, 852) left outer join
     followers f
     on p.id_project = f.repo_id
group by p.id;

对于这个查询，您需要索引 users(id) , projects(owner_id, id_project) ，和 followers(repo_id, user_id) .
我注意到你没有真正使用 users table。所以，这应该是你想要的：

select p.id_project, p.owner_id, count(f.user_id)
from projects p left outer join
     followers f
     on p.id_project = f.repo_id
where p.owner_id in (123, 526, 852)
group by p.id;

在这个查询上应该使用相同的索引，尽管 users 显然不需要。
其次，在mysql中，相关子查询有时比聚合查询快。所以，你可以试试：

select p.id_project, p.owner_id,
       (select count(*)
        from followers f
        where p.id_project = f.repo_id
       ) as num_followers
from projects p        
where p.owner_id in (123, 526, 852);