sql where not exists查询不返回结果

cpjpxq1n 于 2021-06-26 发布在 Impala

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我在构造一个查询并让它在impala上运行时遇到问题。我创建了以下工作查询以联接两个表：

SELECT *
FROM illuminavariant as vcf, ensembl_genes as ens 
WHERE vcf.filter = "PASS" 
AND vcf.qual > 100 
AND vcf.chromosome = ens.chromosome
AND vcf.position BETWEEN ens.start AND ens.stop

现在我正在尝试编写一个查询，查找vcf.filter=“pass”和vcf.qual>100的所有变体，但没有按染色体和位置匹配的变体。
我试过这个：

SELECT * 
FROM p7dev.illumina_test, p7dev.ensembl_test
WHERE NOT EXISTS(
  SELECT * 
  FROM p7dev.illumina_test as vcf, p7dev.ensembl_test as ens
  WHERE vcf.chromosome = ens.chromosome  
  AND vcf.position BETWEEN ens.start AND ens.stop  
 )

但这并没有返回任何结果。我认为with子句可能会起作用，但如果有人能帮我理解它的工作原理，我将不胜感激。非常感谢！

sql mysql impala sql-server

来源：https://stackoverflow.com/questions/29544830/sql-where-not-exists-query-not-returning-results

2条答案

按热度按时间

egmofgnx1#

试试这个。。。

SELECT * 
FROM p7dev.illumina_test vcf
WHERE NOT EXISTS( SELECT 1
                  FROM p7dev.ensembl_test as ens
                  WHERE vcf.chromosome = ens.chromosome  
                  AND vcf.position BETWEEN ens.start AND ens.stop
                 )
AND vcf.filter = 'PASS' 
AND vcf.qual > 100

赞(0）回复(0）举报 2021-06-26

ivqmmu1c2#

因为您正在寻找与任何集合都不相关的变体，所以奇怪的是，您会形成变体和集合的交叉连接，从中过滤出行。不过，如果你真的想这样做的话，那么就应该这样做：

SELECT *
FROM illuminavariant as vcf, ensembl_genes as ens 
WHERE vcf.filter = "PASS" 
AND vcf.qual > 100 
AND (
    vcf.chromosome != ens.chromosome
    OR vcf.position < ens.start
    OR vcf.position > ens.stop
  )

这就否定了将变量行与集成行相关联的条件。
不过，我怀疑你真正想要的是：

SELECT vcf.*
FROM
  illuminavariant as vcf
  LEFT JOIN ensembl_genes as ens 
    ON vcf.chromosome = ens.chromosome
    AND vcf.position BETWEEN ens.start AND ens.stop
WHERE
  vcf.filter = "PASS" 
  AND vcf.qual > 100
  AND ens.chromosome IS NULL

执行与第一个查询相同的联接，但作为左联接。然后，实际表示匹配的行被 ens.chromosome IS NULL 条件。它只返回variant表的列，因为关键是要查找在集成表中没有相应行的变量。

赞(0）回复(0）举报 2021-06-26

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