好的，你有这样一个概念“要求选择一个选项，如果没有一个可用的选项被选择，告诉用户，然后再次提示”。
那是一堆工作。所以，制定一个方法。

public static String pick(Scanner scanner, String prompt, String... options) {
    while (true) {
        System.out.println(prompt);
        String choice = scanner.next();
        for (String option : options) {
            if (option.equals(choice)) return choice;
        }
        System.out.println("Error - that is not an available choice.");
    }
}

以及使用：

String choice = pick(scanner,
  "Please identify the shape\nRectangle (R) / Circle (C): ",
  "R", "C");

public static void main(String[] args) {
    Scanner input = new Scanner(System.in);
      char ch2;
  do{
      char choice;
      System.out.println("Please identify the shape"); 
      System.out.print("Rectangle (Press R) / Circle (Press C): ");
      choice=input.next().charAt(0);
switch(choice){
    case 'R':
       System.out.println("Do first operation bla bla bla");
      break;
  case 'C':
    System.out.println("Do second operation bla bla bla");
    break;
  default:
       System.out.println("ERROR");
       break;
}
System.out.println("do u want to continue enter y/n");
 ch2=input.next().charAt(0);
}
while((ch2!='n')&& (ch2!='N'));
}

在代码中 while 这种说法是错误的。
代替

while (!shapeName.equals("R") || !shapeName.equals("C"));

具有

while (!(shapeName.equals("R") || shapeName.equals("C")));

--或者--

while (!shapeName.equals("R") && !shapeName.equals("C"));

如果条件结合使用 || ，此组合中的下一个条件仅在条件的计算结果为时被选中 false i、 一旦情况发展到 true ，则组合中的下一个条件不被选中，并且组合的计算结果为 true .
如果条件结合使用 && ，此组合中的下一个条件仅在条件的计算结果为时被选中 true i、 一旦情况发展到 false ，则组合中的下一个条件不被选中，并且组合的计算结果为 false .

你的情况怎么了？

让我们看看你的条件是如何产生一个不理想的结果。
当用户进入 R ，您的病情评估如下

while (!shapeName.equals("R") || !shapeName.equals("C")); => while (false ||  !shapeName.equals("C")); => while (false ||  true); => while (true);

当用户进入 C ，您的病情评估如下

while (!shapeName.equals("R") || !shapeName.equals("C")); => while (true ||  !shapeName.equals("C")); => while (true);

因此，使用您的条件，尽管用户输入了所需的输入 while 情况迫使它返回。
现在，试着用同样的方法做同样的练习 while 我在回答中提出的条件。