需要在具有多个*.pdb文件的多个目录中运行python脚本。路径类似于下面的/stor/project/user/user_project/folder/.results/*.pdb
目录存储库是**.结果**,每个目录中都有所需的文件(*.pdb
到目前为止,我一直在每个目录中运行该脚本,其中输入和输出文件的名称与我希望运行该脚本的文件的名称相同。我几乎没有狂欢经验,文件夹太多,数不清。
需要运行的脚本如下所示。
python3 /stor/project/users/scripts/script.py -p filename1.pdb >filename1.txt
每个.pdb文件都有不同的名称。我曾尝试运行其他脚本,但似乎.pdb文件的命名搞砸了。我需要它来查找文件并输出与输入相同的名称的结果。
我使用的脚本do Far是这样的:
# ! /bin/bash
for d in /stor/project/cmerlos2/COLABFOLD_CAM/POSColabFold ; do
for file in "/stor/project/cmerlos2/COLABFOLD_CAM/POSColabFold"/*.pdb
do
python3 /stor/project/cmerlos2/scripts/pDockQ.py -p *.pdb > *.txt
done
done
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