看来我找到解决办法了：

((org.apache.logging.log4j.core.LoggerContext) LogManager.getContext(false)).reconfigure();

有人认为这有什么问题/副作用吗？

目前还没有一种干净的方法来实现这一点。它可以通过反射来实现。（当然，如果实现发生变化，这可能会中断。）
更新：这是错误的。有一个干净的方法，见下面的jamp的答案。

org.apache.logging.log4j.core.LoggerContext ctx = (org.apache.logging.log4j.core.LoggerContext) LogManager.getContext(false);

org.apache.logging.log4j.core.config.FileConfigurationMonitor mon = (org.apache.logging.log4j.core.config.FileConfigurationMonitor) ctx.getConfiguration().getConfigurationMonitor();

// use reflection to get monitor's "nextCheck" field.
// set field accessible
// set field value to zero

mon.checkConfiguration();

那么使用org.apache.logging.log4j.core.config.Configurator呢？

LoggerContext loggerContext = LoggerContext.getContext(false);
   final Configuration configuration = loggerContext.getConfiguration();
   Configurator.reconfigure(configuration);