shell 为什么这个bash循环无法连接文件？

xienkqul 于 2022-11-16 发布在 Shell

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我不知道为什么这个循环不能按照我需要的方式连接文件。基本上，假设我们有以下文件：

AB124661.lane3.R1.fastq.gz
AB124661.lane4.R1.fastq.gz

AB124661.lane3.R2.fastq.gz
AB124661.lane4.R2.fastq.gz

我们想要的是：

cat AB124661.lane3.R1.fastq.gz AB124661.lane4.R1.fastq.gz > AB124661.R1.fastq.gz
cat AB124661.lane3.R2.fastq.gz AB124661.lane4.R2.fastq.gz > AB124661.R2.fastq.gz

我尝试过（但没有成功）：
1.创建文件名（AB 124661）并将其保存到ID文件：
第一个字符串|awk -F '.' '{打印$1}'|分类器|唯一性〉ID
这将创建一个存储样本/文件名的ID文件。
1.运行以下循环：

for i in `cat ./ID`; do cat $i\.lane3.R1.fastq.gz $i\.lane4.R1.fastq.gz \> out/$i\.R1.fastq.gz; done
    
for i in `cat ./ID`; do cat $i\.lane3.R2.fastq.gz $i\.lane4.R2.fastq.gz \> out/$i\.R2.fastq.gz; done

循环失败并连接到空文件中。
我尝试过的事情：

是，ID文件肯定在文件夹中
当我运行echo时，它显示cat命令正确

任何帮助都将不胜感激，
最好的，
交流

shell

来源：https://stackoverflow.com/questions/74131020/why-is-this-bash-loop-failing-to-concatenate-the-files

3条答案

按热度按时间

q3aa05251#

1.为什么要转义\>？这将导致cat: '>': No such file or directory而不是重定向。

Don't read lines with for

while IFS= read -r id; do
    cat "${id}.lane3.R1.fastq.gz" "${id}.lane4.R1.fastq.gz" > "out/${id}.R1.fastq.gz"
    cat "${id}.lane3.R2.fastq.gz" "${id}.lane4.R2.fastq.gz" > "out/${id}.R2.fastq.gz"
done < ./ID

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8fq7wneg2#

假设您有id存储在文件中每行./ID

while read -r line; do
    cat "$line".lane3.R1.fastq.gz "$line".lane4.R1.fastq.gz > "$line".R1.fastq.gz
    cat "$line".lane3.R2.fastq.gz "$line".lane4.R2.fastq.gz > "$line".R2.fastq.gz
done < ./ID

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vsmadaxz3#

纯壳解决方案可能如下所示：

for file in *.fastq.gz; do
    id=${file%%.*}
    [ -e "$id".R1.fastq.gz ] || cat "$id".*.R1.fastq.gz > "$id".R1.fastq.gz
    [ -e "$id".R2.fastq.gz ] || cat "$id".*.R2.fastq.gz > "$id".R2.fastq.gz
done

或者：

printf '%s\n' *.fastq.gz | cut -d. -f1 | sort -u |
while IFS= read -r id; do
    cat "$id".*.R1.fastq.gz > "$id".R1.fastq.gz
    cat "$id".*.R2.fastq.gz > "$id".R2.fastq.gz
done

此解决方案假定感兴趣的文件名不包含换行符。

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