除了注解之外，我从下面的代码开始：

mol1...;mol2...;
r1 = size(e, 1);%number of candidates for aligned amino acid
r0 = size(e0,1);%number of candidates for reference amino acid
for i = 1 : r1
    %if e(i, 1) > 4
        for j = 1 : r0
            %if e0(j, 1) > 4
                if e(i, 1) == e0(j, 1)
                    eI(i, j) = e(i, 1);%number of atoms matched
                    eT(i, j) = abs((e(i, 2) - e0(j, 2)) / e0(j, 2) * 100);
                    end
                %end
            end
        %end
    end

字符串
mol 1和mol 2是选择原子和总数的组合：ex表示3原子分子（1，1，0，0）（1，0，1，0）.（3，1，1，1）。e和e0是关于几何形状的一些数字。
当我得到更多的原子时，数组的大小可以是200 000。我认为丢失少于5个原子的组合不会有什么坏处，但代码运行得并不快。所以问题在于ifs。接下来我尝试删除<5个原子的组合，保留索引并在之后重建初始数组：

e (:, 7) = find(e (:, 1));
e0(:, 7) = find(e0(:, 1));
e (e (:, 4) < 5, :) = [];
e0(e0(:, 4) < 5, :) = [];
...

型
这就节省了一半的时间。我对500行的代码进行了滴答滴答的测试，问题就在这里。300个分子（我到现在为止选择的）需要2年的时间，我想再加一些（20000）。
那么，你们还能想到什么其他的方法来刮除我的数组中的原子呢？也许我应该为每个大小的分子决定（15个原子可以刮除5个原子的结果; 8-4）。如果改变精度会减少这个时间，我应该怎么做？
版本2：无法提交-网页不允许-请参阅评论
版本3（比v2快50倍）：

e(:,7)=find(e (:, 1));
e0(:,7)=find(e0 (:, 1));
[val,ia,ib]=intersect(e(:, 1), e0(:, 1));
for i = 1 : size(ia)
for j = 1 : size(ib)
eI(e(ia(i), 7), e0(ib(j), 7)) = e(ia(i), 1);
eT(e(ia(i), 7), e0(ib(j), 7)) = abs((e(ia(i), 2) - e0(ib(j), )) / e0(ib(j), 2) * 100);
end
end

型