有些R包不使用update.packages()更新

uqdfh47h 于 5个月前发布在其他

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选择Packages->Update packages...得到：

> update.packages(ask='graphics',checkBuilt=TRUE)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Warning: package 'foreign' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'lattice' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'Matrix' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'mgcv' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'nlme' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'rpart' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated

字符串
我在启动菜单中运行R快捷方式“作为管理员”，得到了相同的结果。
R版本是3.0.2。

来源：https://stackoverflow.com/questions/20587440/some-r-packages-do-not-update-with-update-packages

6条答案

按热度按时间

4dc9hkyq1#

一般性重述问题

1.在Windows 7/8中，包含在基本安装中的软件包nicePack已经过时。
1.您可以使用update.packages()或通过等效的GUI菜单更新它。
1.您将获得：
Warning: package 'nicePack' in library 'C:/Program Files/R/R-3.*.*/library" will not be updated

潜在原因

R对Windows不是很友好，所以它只是说“不会被更新”，而不是“C：/Program Files/R/..
如果你检查个人软件包目录，在那里R可以写，你会看到nicePack的更新版本在那里。在Windows中，该目录通常是~\R\win-library\x.y或用Sys.getenv("R_LIBS_USER")找到它。
可能是第一次R无法写入R的默认目录，使用了个人目录，所以有两个版本的nicePack。第二次，尽管有管理员权限，R在个人目录中找到了更新的软件包版本，但它没有更新默认目录。
可能是R说的是“warning”而不是“error”，因为软件包 * 是 * 安装在个人目录中，但过时的版本仍然在默认库中。

解决方案

删除个人库目录中的nicePack包目录，以管理员身份重新启动并再次更新。

意见

我不知道这种行为是否有实际的错误，无论如何，更多的信息肯定会帮助Windows用户。
也许在Windows中应该避免使用默认库，而应该使用个人库。许多Windows应用程序使用C:\ProgramData或~\AppData\Local，无需特殊权限即可写入。

赞(0）回复(0）举报 5个月前

sf6xfgos2#

在R 4.0.4（Gallium OS 3.1）上
旧的.packages（）？
在我的例子中，我注意到3个不会更新的软件包的权限设置与/usr/local/lib/R/library中的其他软件包不同。
我修复了权限，但这并没有解决问题。
然后我运行了old.packages()，并注意到2003包被认为是old。
我承认我不太理解？update.packages（）中的帮助，但尝试了以下方法。
update.packages(oldPkgs = old.packages())
这解决了问题，并更新了3个软件包。

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kx7yvsdv3#

我在Ubuntu上，我在RStudio上遇到了同样的问题。我试着用sudo R和update.packages()解决。但是没有帮助。但是sudo rstudio + update.packages()解决了这个问题。

赞(0）回复(0）举报 5个月前

agxfikkp4#

在我的情况下工作在Ubuntu的终端以下命令序列：

sudo i-
R
update.packages(ask=FALSE)
q(save="no")
logout

字符串
也就是说：以root身份登录->启动R ->从root更新软件包->从R中->从root中。

赞(0）回复(0）举报 5个月前

kjthegm65#

我在Windows上，但通过SSH隧道使用R Studio Server（AWS /Ubuntu Linux）。我认为有时R Studio会增加一层困难，而不是让事情变得更容易，这会发生在多个UNIX用户之间的包依赖关系中。
因此，添加这种可能的情况，可能会影响人们寻找上述问题>
您可以在您的用户上拥有一个软件包版本，
您需要su root并以root用户通过SUDO R安装.update（）（与Windows上的R.exe相同）。
然后，当您访问RStudio Server时，您将看到 System Library packages updated
总而言之，即使在服务器上只使用一个高特权UNIX用户，也会有两个不同的库位置：
Ubuntu（user）：/usr/local/lib/R/
系统范围：/usr/lib/R/library