将skeletonization应用于图像()后,
我想用python来测量最长的分支,或者说 backbone 的 Backbone.js 。ImageJ有几个工具可以完成这项工作,一个是Measure_Skeleton_length,另一个是AnalyzeSkeleton。有什么python工具或建议吗?
将skeletonization应用于图像()后,
我想用python来测量最长的分支,或者说 backbone 的 Backbone.js 。ImageJ有几个工具可以完成这项工作,一个是Measure_Skeleton_length,另一个是AnalyzeSkeleton。有什么python工具或建议吗?
2条答案
按热度按时间hec6srdp1#
这是对最初问题的一个很晚的回复,但以防万一仍然需要的人可能最终会阅读这篇文章。有一个很棒的Python包用于分析骨骼,称为
FilFinder
(pip install fil_finder
),它优雅地解决了这个问题。下面是从他们的教程中采用的代码字符串
其输出
的数据
dsekswqp2#
我不知道python工具,但从算法的Angular 来看,这是一种方法:
1.检测所有极端像素(分支上的最后一个像素,因此只有一个相邻像素)
1.对于这些像素中的每一个,计算测地距离图。
然后你在Map计算过程中找到的最大距离将是你想要的距离。第1点是基本的编码,所以你可以在Python中完成,但你必须为第2点找到一个库。